Tο Άγιο Όρος αποτελεί αυτοδιοίκητο και αυτόνομο τμήμα
του Ελληνικού κράτους, που υπάγεται πολιτικά στο Υπουργείο Εξωτερικών και θρησκευτικά στην Δικαιοδοσία του Οικουμενικού Πατριαρχείου της Κωνσταντινούπολης.
Eχει εδαφικά διαιρεθεί σε είκοσι αυτοδιοίκητες
περιοχές. Κάθε περιοχή αποτελείται από μία κυρίαρχη μονή και διάφορους άλλους μοναστικούς οικισμούς γύρω από αυτήν (σκήτες, κελλιά, καλύβες, καθίσματα, ησυχαστήρια). Όλες οι μονές είναι Κοινόβιες, δηλαδή κοινή λειτουργία, προσευχή, στέγη, σίτιση και εργασία μεταξύ των μοναχών. Υπεύθυνος της κάθε μονής είναι ο Ηγούμενος που εκλέγεται από τους μοναχούς της μονής ισόβια.
Οι Ηγούμενοι των μονών συγκροτούν την Ιερά Σύναξη και ασκούν την νομοθετική εξουσία.
Οργάνωση
H πολιτεία του Αγίου Όρους αποτελεί αυτοδιοίκητο
και αυτόνομο τμήμα της Ελληνικής Δημοκρατίας και κυβερνάται με βάση τον Καταστατικό Χάρτη του 1924. Το Ελληνικό Κράτος εκπροσωπείται απο τον Πολιτικό Διοικητή του Αγίου Όρους ο οποίος είναι επιφορτισμένος με την τήρηση του Αγιορίτικου καθεστώτος και υπάγεται στο Υπουργείο Εξωτερικών, και απο εκκλησιολογικής πλευρας υπάγεται στο Οικουμενικό Πατριαρχείο της Κωνσταντινουπόλεως. Την εκτελεστική εξουσία στο Άγιο Όρος αντιπροσωπεύει η Ιερά Επιστασία της οποίας ο Πρόεδρος φέρει την ονομασία Πρωτεπιστάτης. Η Ιερά Επιστασία αποτελείται από 4 μέλη επιλεγμένα από τις 5 πρώτες ιεραρχικά μονές. Η νομοθετική εξουσία αντιπροσωπεύεται απο την Ιερά Κοινότητα του Αγίου Όρους, επίσης η Ιερά Κοινότητα έχει εκτός των άλλων και δικαστική αρμοδιότητα σε υποθέσεις Αστικού Δικαίου για πλημμελήματα που συνέβηκαν εντός των γεωγραφικών ορίων του Αγίου Όρους. Για όλες τις υπόλοιπες (Κακουργήματα κλπ.) αρμόδια δικαστήρια εκδίκασης είναι αυτά της πόλεως της Θεσσαλονίκης. Ως Ανώτατη Εκκλησιαστική και Δικαστική Αρχή εντός του Αγίου Όρους αναγνωρίζεται η Διπλή Ενιάυσεως Σύναξη η οποία συνέρχεται τακτικά μία φορά τον χρόνο εκτός και εάν απαιτείται διαφορετικά και μπορεί να αποφανθεί δια πάν ζήτημα. Και τέλος χρέη Ανωτάτου Εφετείου για Εκκλησιαστικά-Πνευματικά θέματα ασκεί η σύνοδος του Οικουμενικού Πατριαρχείου Κωνσταντινουπόλεως.